1. 雄性激素缺乏
雄性激素缺乏导致阴茎短小，是一种先天性因素。男性胎儿在母体子宫发育时，受到某些不良刺激，影响雄性激素生成，导致胎儿缺乏雄性激素，进而使胎儿出现先天性雄性激素分泌不足，在发育时期阴茎会因为缺乏雄性激素而出现生长缓慢或停止生长，造成阴茎短小。
2. 微量元素缺乏
男性在青少年时期，身体性器官开始发育成熟，许多微量元素如锌元素、雄性激素、维生素E以及相关蛋白等对于性器官发育影响很大，如果这些微量元素摄入量不足，会导致性器官发育不良，身体不能提供性器官发育所需要的能量物质，起不到壮大性器官的作用，会造成阴茎短小。
3. 发育期不良生活习惯
男性在性器官发育时期如果没有注意保暖，造成长期体寒，体内阳气不足，会使阴茎不能完全凸出，有一节阴茎会卷缩在腹内，造成假性阴茎短小现象。此外，过早开始性生活，或在身体虚弱和发育期过度手淫，都会给肾脏器官造成影响，导致肾脏器官功能失调，影响阴茎发育，形成阴茎短小。
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