感染：阴茎假体作为一种异物植入体内，最常见最严重的并发症当属感染。为了预防感染，手术前、手术中和手术后均需应用有效抗生素。手术前可将假体置于抗生素溶液中，手术中要注意无菌操作，手术后注意及时换药。应注意选择大小适当的假体，假体选用过大可使阴茎头及尿道发生压力性坏死，也是容易发生感染的原因之一，过小可使龟头弯曲并影响功能。
疼痛：阴茎的感觉神经很丰富，故阴茎假体植入后可有一些不适感，手术后早期更为明显。疼痛一般为可耐受性，持续疼痛部位常集中于阴茎远端及会阴郁。因为假体近端位于阴茎脚的末端，邻近阴部神经，故可产生牵张性会阴及阴囊疼痛，有时可被认为是睾丸痛，持续疼痛可达6周以上。如较剧烈，可能因为假体过长，应重新手术。手术可通过冠状沟作小切口取出假体，修除0.5cm，再置入，可很快解除疼痛。
机械故障：多见于可胀性假体。表现为连接管扭曲、漏液、仪器失灵致不能充盈或排空，圆柱或置液器破裂，圆柱局限性膨大等。这些机械性故障影响患者的性交能力，多数通过调试修补可得到解决，如手术器械损伤严重的要进行置换。
阴茎海绵体出血及阴茎、阴囊血肿：阴茎假体置入术时，要在阴茎根部腹侧作切口，需用特别扩张器在阴茎海绵体向阴茎脚方向扩张，因此，手术后可出现阴茎海绵体出血及阴茎、阴囊血肿。处理的方法是严密关闭切口，对血肿局部可用冰袋冷敷及抬高血肿部位，以利于血液的回流和吸收。
手术后其他症状及处理：手术后可留置导尿24小时，采取头低足高位24小时，以后每天3次，每次半小时左右。术后可有尿急，尿频，排尿时疼痛及异物感，因此至少预防性用药7天，药可选用青霉素、庆大霉素、丁胺卡那霉素、妥布霉素等。阴囊部要置冰袋24小时以减少肿胀不适。对可胀性假体，手术后2—3周开始操纵输液并作充液及放液训练，并可开始恢复性生活。
