1、局部损伤：小结石活动度大，局部损伤较轻。大而固定的结石，可使肾盏、肾盂上皮细胞脱落，出现溃疡、纤维组织增生，以致间质纤维化。移行上皮长期受结石刺激后，可发生鳞状上皮变性，多年后右引起鳞状上皮癌。结石常损伤血管，引起血尿。
2、尿路梗阻：一般可造成梗阻以上部位积水。结石的梗阻通常是不完全性梗阻，若双侧输尿管或尿道梗阻则可出现尿闭，严重者发展为尿毒症。 肾积水常见症状体征为腹块、慢性腰背酸胀、难治性顽固性的尿路感染、不明原因的低热，在儿童主要出现间歇性腹块与多尿。在双肾积水肾功能减退时出现贫血。 尿毒症是肾功能衰竭晚期所发生的一系列症状的总称。慢性肾功能衰竭症状主要体现为有害物质积累引起的中毒和肾脏激素减少发生的贫血和骨病。早期最常见的是恶心、呕吐食欲减退等消化道症状。进入晚期尿毒症阶段后，全身系统都会受累，出现心力衰竭、精神异常、昏迷等严重情况，危及生命。
3、感染：结石合并的感染，在结石排出或取出前，是很难治愈的。这种感染可发生肾盂肾炎、肾积脓、肾周围炎及肾周围脓肿和膀胱炎等。值得注意的是，感染可进一步加速结石的增长和肾实质的损害。急性期表现为发热，反复出现的尿路刺激症状如尿频尿急尿痛等，常伴有乏力、食欲不振、腰酸痛等。亦可出现多尿、夜尿增多、低血钾、低血钠或慢性肾小管性酸中毒。晚期可因肾功能损害而出现尿毒症症状。
4、肾组织为脂肪组织代替：输尿管结石发生肾盂肾炎时，肾组织破坏后可为脂肪组织所代替。进而导致肾功能下降，可发展为肾功能衰竭、尿毒症。
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