1、阴囊后阴茎：其表现开始时和阴茎发育不良十分相似，患者可伴有尿道异常。有的患儿真正的阴茎并不存在，实际上仅有一些勃起组织，被阴囊后的异位阴囊皮肤所覆盖。有的患儿的阴茎在解剖上可能是正常的，但其位置却是异常的，这也可能反映了不同程度的胚胎发育障碍。对部分仅是位置异常的患儿，可应用外科手术将阴茎复位于阴囊前部。
2、双阴茎：是一种少见的异常。典型的患者仅有一个阴茎有功能，并有尿道，因此只有在弄清尿道开口以后，才可做适当的外科手术矫治。
3、尿道上裂：尿道上裂较为罕见。特征是尿道上壁缺如，即尿道开放于阴茎的背侧表面，可以单纯发生，也可以并发其他畸形。轻者仅在阴茎头部分裂呈沟状，阴茎较短，阴茎头扁平，包皮在背侧分离，为阴茎头型。若沟状尿道自阴茎背侧根部至阴茎顶端，则为阴茎型。严重者可同时有耻骨分离，膀胱括约肌异常，出现尿失禁，丧失生殖功能。手术治疗最好在3岁左右进行。
4、尿道下裂：这种先天异常较常见。值得庆幸的是，大多数情况下，异常是较轻的，仅有少数可能伴有阴茎腹侧弯曲、阴茎扭转或位置偏斜。其原因与胎儿睾丸的雄激素分泌延迟出现或分泌不足，靶器官对雄激素作用不敏感，以及胎儿性发育过程中应用了黄体酮类药物或雌激素等有关。目前有证据表明，严重尿道下裂病人体内的睾丸酮相对缺乏并可持续到成年期。如果对中度或重度尿道下裂不予治疗的话，则病人的性功能和性行为均可受到影响。
先天性崎形的阴茎通常指阴茎在胚胎发育中形成的畸形，一殷说来是十分罕见的。得了阴茎畸形怎么办？
A.阴茎缺如：阴茎发育障碍而缺如，但阴囊、睾丸发育正常，由于阴茎缺如，尿道常开口于会阴部、肛门或直肠内，因此排尿方向方向发生改变，当然就更不能进行性交活动。
B.潜伏阴茎：阴茎被阴囊、会阴部、耻骨部及大腿内侧皮下脂肪组织掩盖，而阴茎又短小，很易误诊为阴茎缺如症，但随着发育，皮下脂肪减少，阴茎可显露。潜伏阴茎多数合并泌尿系统畸形，需进行手术治疗。
C.阴囊后阴茎：阴茎位于阴囊后侧(肛门侧)，多数合并泌尿系统畸形，需作手术治疗。
D.双阴茎：顾名思义是具有二只阴茎，双阴茎可有左右排列的，也有前后方向排列的，双阴茎有阴茎完整分成两个的，也有从阴茎根部分成两个的，也有从龟头分成两个的。双阴茎多数合并泌尿系统畸形，需作矫形手术。
E.先天性阴茎扭转症：阴茎在纵轴90～180度旋转或左右旋转，通常向左旋转占80%，向右旋转占20%，阴茎扭转易合并阴茎异常勃起，勃起不适或隐痛等症状。
F.先天性阴茎弯曲症：多数合并泌尿系统畸形，若不影响性交和排尿一般不作治疗，否则需作手术治疗。
