先天性无阴茎畸形
本病是因生殖结节发育不全所致。此种病人除无阴茎外，还可能合并其他泌尿生殖器、直肠与肛门、心血管系统以及下肢畸形。
因此，病人常常是短命的。对于能够成活下来的病人来说，最好的治疗方法是转归为女性，其手术包括睾丸切除及外阴成形等。
隐匿阴茎畸形
本病多见于肥胖体型的人(阴囊肿大造成者除外)。病人常因肥胖导致阴茎发育异常，出现包茎及阴茎发育短小等症，除影响排尿外，对性生活影响也较大。
诊断此类病人，应注意与小阴茎和无阴茎者相鉴别。其治疗方法是进行综合性减肥治疗，必要时可实施阴茎成形术并辅以内分泌治疗。儿童患者应尽量在青春期前完成手术。
双阴茎畸形
本症是因胚胎期阴茎始基发育障碍所引起的，常合并其他畸形，如双膀胱、双直肠以及肛门、脊柱等部位的畸形。因此，对双阴茎畸形要做全面的体格检查，以得出全面的诊断。
治疗单纯性双阴茎畸形比较简单，可保留较粗壮的一侧而将另一侧切除。
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